科技部網站1月11日發布《科技部財政部國家稅務總局關于開展高新技術企業認定管理工作檢查的通知》（國科發火[2012]1220 號），明確科技部、財政部、國家稅務總局將在全國范圍內聯合開展對高新技術企業認定管理工作的檢查。從通知中對檢查對象、檢查內容、檢查時間等的規定來看，此次檢查是自 2008 年《高新技術企業認定管理辦法》（以下簡稱《認定管理辦法》）（國科發火[2008]172 號）頒布實施以來發起的涉及面最廣、涵蓋企業范圍最大的一次大規模檢查行動。根據多年來參與高新技術企業稅務咨詢服務積累的經驗，特對國科發火〔2012〕1220 號文出臺的背景、文件要點及企業的應對策略作如下解讀。

一、國科發火〔2012〕1220 號文出臺的背景

回顧五年來全國高新技術企業認定管理工作的開展實施情況，不難發現此次檢查行動的發起是有著深刻的現實因素的考量。根據對歷年高新技術企業認定（復審）形勢的跟蹤調查，我們認為國科發火〔2012〕1220 號文出臺的背景大致可從以下三方面進行解析。

（一）國家對高新技術企業的后續監管不斷加強

過去五年來，國家審計署、財政部、科技部等部門均對已取得高新資格的企業開展了專項檢查，檢查結果表明，很多企業在高新條件的諸多方面存在不同程度的問題。

國家審計署在《2009 年第 9 號（總第 41 號）審計結果公告》、《2011 年第 34 號（總第 103 號）審計結果公告》中披露了 102 家 在 2008-2010 年通過認定企業的不合規問題，這些企業 2009 年至 2010 年享受高新技術企業減免稅優惠達 62.96 億元。財政部在2009-2011 年也開展了高企認定及企業所得稅優惠政策執行情況專項檢查，根據財政部回訪檢查的“檢查結論”和“處理意見”，北京市 2009、2010 年被抽查企業中共有 35 家被撤銷了高新技術企業資格，認定機構在 5 年內不再受理該部分企業的認定申請，并由稅務機關按規定補征相關稅款。

受審計署、財政部檢查發現問題的直接影響，科技部也逐年加大對已公示企業的核查力度，并先后取消了北京、上海、江蘇、廣東、天津等省（市）的已公示高新技術企業 1000 多家（以大、中型企業為主）。

（二）高新企業享受的稅收優惠對國家稅收影響顯著

根據官方公布的數據統計，截至 2012 年底，全國高新技術企業總數已達到 60000 多家，其中僅北京地區就超過 8000 家，占全 國高新技術企業總數的比例約為 13%。以北京、上海、蘇州和天津等四個主要省市為例， 2008 年以來每年通過認定的企業數量逐年 下滑，同時 2011、2012 年通過復審的企業數量也比 2008、2009 年通過認定的企業數量減少很多（詳見下圖）。